İstinye Üniversitesi Meslek Yüksekokulu 2016-2017 yılında Topkapı Kampüsünde akademik yaşama başlamıştır. Doç. Dr. Fahri ERENEL kurucu müdür olarak görev yapmış ve Adalet, Aşçılık, Bankacılık ve Sigortacılık, Gıda Teknolojisi, Grafik Tasarım, İnsan Kaynakları Yönetimi, İnşaat Teknolojisi, Mimari Restorasyon Pazarlama, Spor Yönetimi, Sivil Hava Ulaştırma İşletmeciliği, Uçak Teknolojisi, İş Sağlığı ve Güvenliği, Muhasebe ve Vergi Uygulamaları, Sivil Havacılık ve Kabin Hizmetleri, programları ile öğrenci kabul etmiştir.
2018 Yılında Meslek Yüksekokul Müdürlüğü görevine Prof.Dr. İlhan Tomanbay gelmiş ve İSÜ MYO bu yıl ilk mezunlarını vermiştir. Öğrenime devam ettiği yıllar içinde Yükseköğretim Kurulu kararları ve İSÜ Stratejik planı çerçevesinde bazı programlar pasif hale gelmiştir.
2019 -2022 yılları arasında Yüksekokulu Müdürlüğü görevini Dr. Dr. Öğr. Üyesi M. Fatih Çınar yürütmüştür. 2022 yılı Kasım ayı itibariyle Meslek Yüksekokulu müdürlüğüne Dr. Öğr. Üyesi Hilal ÇAKAR ÖZCAN gelmiştir. Halen MYO ’da Adalet, Aşçılık, Bilgisayar Destekli Tasarım ve Animasyon, Bilgisayar Programcılığı ve ikinci öğretimi, Bilgisayar Teknolojisi, Bilişim Güvenliği Teknolojisi, E- Ticaret ve Pazarlama, Gıda Teknolojisi, Otomotiv Teknolojisi, Sivil Havacılık Kabin ve ikinci öğretimi, Uçak teknolojisi olmak üzere 11 program ve 2 ikinci öğretim programı ile eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmektedir. 2022 yılı içerisinde pasif olan Bilgisayar Teknolojisi programı ve yeni açılan E-Ticaret ve Pazarlama programı öğrenci alımı yapmıştır.
2023 yılında Meslek Yüksekokulumuz bünyesine mevcut 11 birinci öğretim, 3 ikinci öğretim programına ek olarak iki birinci öğretim programı (Dış Ticaret ve Elektronik Teknolojisi) ve iki ikinci öğretim programı (E-Ticaret ve Pazarlama ve Bilgisayar Teknolojisi) eğitim öğretim programı faaliyetine başlamıştır.